新耶路撒冷修道院由尼康牧首创建于1656年，作为牧首在莫斯科的郊区的住所。修道院以新耶路撒冷命名，选择该地点是因为它类似圣地。伊斯特拉河代表约旦河，建筑代表耶路撒冷的圣地。尼康牧首招募了一些非俄罗斯籍的修士，以代表天上的耶路撒冷。修道院建筑群包括复活大教堂（1656年至1685年）、尼康牧首府邸（1658年）、圣三一教堂（1686年至1698年）等。